O museu do mosteiro de Santa Clara-a-velha engloba um centro interpretativo e o sítio arqueológico, constituído pela igreja do antigo mosteiro. No centro interpretativo, visita-se a exposição sob a designação de Freiras e Donas de Santa Clara – arqueologia de clausura. Nela encontram-se diversas divisões temáticas que apresentam variadas porcelanas e faianças, vidros de fino recorte e manufatura. Assim, entramos na divisão dedicada à Devoção onde, entre raros e valiosos artefactos, podemos ver um fragmento do pilar central de um fontanário, do século XIV, proveniente do claustro do mosteiro. Este fragmento, em pedra calcária, apresenta os santos tutelares da Ordem franciscana – S. Francisco, Santa Isabel da Hungria, S. Luís de Tolosa e Santa Clara – alternados com leões. Encontramos ainda, na mesma divisão, elementos de vestuário e adereço ritual – solas de calçado em cortiça, um cordão de hábito com nós, alfinetes, um rosário e uma escultura em pedra, de figura feminina envergando o hábito. Também podemos observar uma pia de água benta do século XVI, bem como a deposição de Cristo no túmulo em desenho do século XVI, juntamente com as estátuas em pedra de Nicodemus, que segura os cravos da crucificação, e de José de Arimateia, que sustém o sudário de Cristo. Ainda na mesma divisão – Devoção – podemos apreciar outros objetos de valor inestimável, como um cálice de comunhão em estanho dos séculos XVII e XVIII, uma tabuada das horas litúrgicas de 1609 a 1626, um rosário de azeviche, cristal de rocha e metal, um Cristo crucificado, do século XVII, em madeira de pau santo, marfim e metal, assim como diversificados e ricos objetos de adorno pessoal. Numa outra divisão – Comunidade – podemos ver uma série de sinetas e campainhas usadas para chamar as religiosas às suas atividades. As campainhas ilustram a evolução da moda feminina ao longo do século XVII, nomeadamente ao nível de trajes e toucados. Vêem-se igualmente miniaturas e brinquedos, em cerâmica, que testemunham a vertente lúdica de uma comunidade na qual não faltavam elementos de idade mais jovem. Na divisão – Afazeres e ocupações – constatamos que a confeção de bordados e decorações para a utilização litúrgica e devocional estava a cargo das religiosas. Podemos aí observar contas, missangas, alfinetes e fusos usados na fiação da lã dos carneiros que o convento possuía. Ainda na mesma sala, mas numa outra divisão – Administração – podemos observar, em estado devidamente conservado, candeias, lamparinas e castiçais que eram alimentados com azeite ou cera para a iluminação do mosteiro. Aí se encontram selos de chumbo de mercadorias dos séculos XVI e XVII. A compra de produtos era atestada pela presença desses selos comprovativos do pagamento das taxas alfandegárias devidas.  Na divisão – Alimentação – encontramos pratos, taças e talheres do século XVII, assim como outra louça de mesa em cerâmica comum: bilhas, cântaros, cabaças, jarras, potes e púcaros. Ainda numa outra divisão – Do Corpo – observamos variados objetos de adorno pessoal como contas, brincos, anéis e frascos de perfume, onde também se encontram as estátuas em pedra calcária, do século XVI, de S. Damião e S. Cosme, santos gémeos representados como médicos ou físicos de que são patronos. S. Damião segura um urinol e S. Cosme tem uma caixa de unguentos na mão e um estojo de cirurgião à cintura. Junto encontram-se bacias e tigelas em faiança, uma tesoura, uma faca em metal e madeira e várias ventosas em vidro. Na última divisão da sala de exposições – Da Morte – encontramos a tampa da sepultura de D. Maria de Castro, em pedra calcária, do século XV, retirada do claustro do mosteiro e a tampa da sepultura da abadessa Margarida de Castro, também em pedra calcária, do século XVI, retirada da área da entrada do coro do mosteiro, junto ao claustro. Ainda na mesma divisão desta sala encontramos cartazes nas paredes com inúmeros relatos da história do mosteiro assim como das atividades que as religiosas ali praticavam e, em geral, das vivências conventuais. A visita ao museu é útil para conhecer um pouco da História de Coimbra como também da História de Portugal e das mundividências das clarissas.