O museu do mosteiro medieval de Santa Clara-a-Velha, que engloba uma área de cerca de 28000 m2, foi aberto ao público em abril de 2009 após a remodelação da igreja do antigo mosteiro. A visita à igreja mosteiro, o sítio arqueológico do museu, é obrigatória para quem visita o museu. Na entrada exterior do museu encontram-se expostas várias pedras do espólio do mosteiro, selecionadas e numeradas, constituindo maravilhosos objetos arqueológicos. A entrada na igreja do mosteiro, o único espaço visitável, de estilo gótico e construída no século XIII, faz-se diretamente pela igreja de fora – espaço de culto e de sepultura de leigos no piso térreo. Visita-se em seguida o coro – a igreja de dentro ou das religiosas – que era um espaço de acesso restrito à comunidade conventual que assistia à missa e rezava os ofícios divinos de acordo com as horas canónicas. Surge-nos depois a zona de enterramentos, na entrada do coro: das escavações efetuadas nesta zona resultou a exumação de cerca de setenta esqueletos. O estudo antropológico realizado após as descobertas arqueológicas forneceu alguns dados sobre a estatura, a idade média da morte e as patologias da comunidade detetáveis a nível ósseo.

Subindo ao segundo piso da igreja, pode-se observar um arco esculpido em pedra de Ançã, mandado edificar e benzido pelo bispo de Coimbra em 1613, na altura em que decorria o processo de canonização de D. Isabel de Aragão, destinando-se a albergar o sarcófago em prata e cristal que acolhe atualmente o corpo da Rainha Santa no mosteiro de Santa Clara-a-Nova. Até às intervenções de remodelação do mosteiro de Santa Clara-a-Velha, este segundo piso era o único visitável, pois o piso térreo encontrava-se alagado pelas águas do Mondego. O mosteiro englobava ainda o claustro que era o “coração” do mosteiro fazendo a ligação entre as várias dependências mais importantes. O claustro era não só um espaço de circulação, mas também um local de meditação e oração e de recreio das freiras, tanto nas galerias cobertas abobadadas como no pátio central. Pela sua proximidade à igreja, a galeria norte foi usada para enterros. À estrutura do século XIV, juntaram-se, no século XVII, fontes de estética renascentista e azulejos hispano-árabes. A zona do claustro incluía o refeitório, hoje apenas visível do lado esquerdo da entrada, um tanque quadrado revestido a azulejos do século XVI, a casa do lavabo, canteiros de flores, a cozinha, a sala do capítulo, o recinto mais importante a seguir à Igreja, onde as freiras realizavam as reuniões da comunidade, faziam a confissão pública das faltas, resolviam os assuntos internos da comunidade e procediam à eleição da abadessa e, finalmente, os dormitórios. Existia também o Paço da Rainha, que serviu de habitação a D. Isabel quando enviuvou.

Além da igreja do mosteiro, o museu engloba ainda um centro interpretativo que inclui uma sala de exposição permanente e uma de exposições temporárias. A exposição, sob o tema de Freiras e donas de Santa Clara – arqueologia de clausura, está dividida em diferentes secções: as salas da Devoção, da Comunidade, da Morte, do Corpo e da Alimentação, expondo inúmeros artefactos de oração, de ornamentação e de utilidade prática, usados pelas clarissas.

Situado na margem esquerda do rio Mondego, este museu-mosteiro oferece certamente uma viagem de sonho pelo passado de Coimbra, com o devido tributo à sua padroeira, a Rainha Santa Isabel, cuja presença se revela de modo intenso em todo o espaço. A visita ao museu-mosteiro deve ser também uma clara manifestação de devoção que, como ato de fé, é devida a esta santa.